住宅ローン控除の申請方法｜初年度の確定申告と2年目以降の年末調整

マイホームを購入して住宅ローンを組んだものの、住宅ローン控除の申請方法がよく分からないまま放置してしまう人は意外と多いです。特に会社員は「年末調整で全部終わる」と思い込みがちですが、住宅ローン控除の初年度は確定申告が必須で、これを忘れると数十万円単位の還付を受けそこなうこになります。

この記事では、住宅ローン控除の申請方法を「初年度の確定申告」と「2年目以降の年末調整」に分けて、必要書類、手続きの手順、忘れた場合の対処法まで整理します。2026年の制度変更点や借入限度額の詳細を知りたい方は住宅ローン控除 2026年の変更点で確認してください。

住宅ローン控除の申請手続き全体像

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、年末時点のローン残高に0.7%を掛けた金額を所得税から差し引ける税額控除です。新築住宅は最長13年間、中古住宅は最長10年間（2026年入居分から省エネ基準適合の既存住宅は13年間に拡充）適用されます。

申請手続きの流れは、初年度と2年目以降で大きく異なります。

会社員でも個人事業主でも、初年度は確定申告が必要です。2年目以降、給与所得のみの会社員は年末調整で手続きが完了しますが、個人事業主は毎年確定申告で申請します。

初年度の確定申告 — 手続きの流れ

入居した年の翌年に確定申告を行います。確定申告の通常期間は2月16日から3月15日ですが、住宅ローン控除のような還付申告は1月1日から提出できます。混雑を避けたい方は、年明け早々に準備を始めるとスムーズです。

手順1. 必要書類を集める

確定申告に必要な書類は複数の機関から入手します。取り寄せに時間がかかるものがあるため、早めに動いてください。

源泉徴収票は2019年分以降の確定申告から添付不要になっていますが、入力時に給与収入額や源泉徴収税額を転記するため、手元に用意してください。

省エネ住宅の区分で借入限度額が変わる場合は、住宅性能を証明する書類が追加で必要です。認定長期優良住宅なら認定通知書の写し、ZEH水準省エネ住宅ならBELS評価書やZEHビルダー証明書の写しが該当します。確定申告の必要書類をさらに詳しく確認したい方は住宅ローン控除の確定申告と必要書類も参考になります。

手順2. 確定申告書を作成する

確定申告書の作成は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使うのが手軽です。画面の指示に従って数字を入力すると、住宅借入金等特別控除額の計算明細書と確定申告書が自動で作成されます。

入力する主な情報は、住宅の取得価額、床面積、居住開始日、借入金の年末残高、住宅の省エネ区分です。これらを入力すると、控除額が自動計算されます。

手書きで作成する場合は、計算明細書を先に完成させ、その結果を確定申告書に転記する流れです。計算明細書は国税庁のウェブサイトからダウンロードできます。

手順3. 申告書を提出する

提出方法は3通りあります。

e-Tax（電子申告）は、マイナンバーカードとスマートフォンまたはICカードリーダーがあれば自宅から提出できます。税務署に行く必要がなく、還付金の振込も早い（通常2〜3週間程度）のが利点です。

税務署の窓口に持参する方法は、記載漏れや添付書類の不備をその場で確認してもらえます。確定申告時期は混雑するため、時間に余裕を持って行ってください。

郵送は、税務署の管轄を確認し、所轄税務署に書類一式を送付します。切手代と簡易書留の費用がかかりますが、税務署に出向く必要はありません。控えに受領印がほしい場合は、返信用封筒を同封してください。

手順4. 還付金を受け取る

e-Taxで申告した場合は提出から2〜3週間、書面で提出した場合は1か月〜1か月半程度で還付金が指定口座に振り込まれます。還付金は、源泉徴収税額のうち住宅ローン控除で戻る分です。控除額が源泉徴収税額を超える場合は、超えた分の一部が翌年度の住民税から控除されます（上限あり）。

2年目以降の年末調整 — 手続きの流れ

会社員の場合、2年目以降は勤務先の年末調整で住宅ローン控除を受けられます。確定申告をする必要がなくなるため、手続きは大幅に簡素化されます。

必要な書類は2点

住宅借入金等特別控除申告書は、初年度の確定申告を行った後、税務署から残り全年分がまとめて送られてきます。13年間の控除を受ける場合は12枚が届きます。紛失すると再発行に時間がかかるため、届いたら年度ごとに分けて保管してください。

年末調整での記入方法

控除申告書には、対象年の住宅ローン年末残高、借入限度額、控除額を記入します。年末残高等証明書に記載されている残高を転記し、計算式に当てはめて控除額を算出します。

勤務先に控除申告書と年末残高等証明書を提出すれば、12月の給与または翌年1月の給与で還付されます。会社によって還付のタイミングが異なるため、経理部門に確認しておくと安心です。

申請を忘れた場合の対処法

住宅ローン控除の確定申告を忘れてしまった場合でも、5年以内であれば遡って還付申告ができます。還付申告は通常の確定申告期間（2月16日〜3月15日）に限らず、翌年1月1日から5年間いつでも提出可能です。

2年目以降の年末調整で出し忘れた場合も、翌年に確定申告をすれば控除を受けられます。会社の年末調整に間に合わなかった場合と同じ扱いです。

5年を過ぎた分は時効になり、還付を受けられません。入居した年は必ずカレンダーにメモし、翌年の1月に動き出せるようにしておいてください。

e-Taxで申請する場合のポイント

e-Tax（電子申告）を利用すると、税務署に行かずに自宅から手続きを完了できます。住宅ローン控除の申告は入力項目が多いですが、作成コーナーの画面指示に従えば計算ミスを防ぎやすいです。

事前に準備するものは、マイナンバーカード（またはID・パスワード方式の届出）、スマートフォンまたはICカードリーダー、年末残高等証明書、登記事項証明書の情報、源泉徴収票です。

作成コーナーでは、「住宅借入金等特別控除」のメニューを選択し、住宅の種類（新築・中古・増改築）、居住開始日、取得価額、床面積、年末残高などを入力します。省エネ区分に応じた借入限度額は自動で適用されますが、性能区分の選択を間違えると控除額が変わるため慎重に選んでください。

e-Taxで送信した場合、添付書類の提出が省略できるケースがあります。年末残高等証明書や登記事項証明書は原本の提出が不要になりますが、5年間の保管義務があります。税務署から確認を求められた場合に提出できるよう、手元に保管しておいてください。

住宅ローン控除と住宅補助金の併用

住宅ローン控除と住宅取得に関する補助金は、併用できるケースが多いです。ただし、補助金を受けた分は住宅の取得価額から差し引いて控除額を計算する場合があります。

たとえば、子育てエコホーム支援事業で100万円の補助金を受けた場合、住宅取得価額からその100万円を差し引いた金額が控除計算の基礎になります。結果として控除額が若干減りますが、補助金そのものの金額のほうが大きいため、補助金を受けたほうがトータルでは有利になるのが通常です。

利用できる住宅補助金の一覧は住宅補助金2026年一覧で整理しています。補助金と住宅ローン控除は申請先も手続きも異なるため、それぞれの期限を確認して段取りを組んでください。

確定申告で間違いやすいポイント

住宅ローン控除の確定申告では、記入ミスや書類不備で差し戻されるケースがあります。よくある間違いを事前に知っておくと、手戻りを防げます。

居住開始日の記載ミスは多発するポイントです。居住開始日は「住み始めた日」であり、引き渡し日や契約日ではありません。住民票の異動日を基準に記入するのが一般的です。

共有名義の場合、持分割合に応じた借入残高を記入する必要があります。夫婦で住宅ローンを組んだ場合、それぞれが持分に応じた確定申告を行います。一方だけが申告すれば済むと誤解しているケースがあります。

借入限度額を超えた残高を記入しても、限度額までしか控除の対象になりません。年末残高が3,500万円あっても、借入限度額が2,000万円の住宅区分であれば、控除対象は2,000万円です。残高をそのまま書いて控除額が増えるわけではない点に注意してください。

繰上返済を行った場合、年末残高が変わります。繰上返済後に金融機関から届く残高証明書の金額を使い、繰上返済前の証明書は使わないでください。住宅ローンの繰上返済の仕組みは住宅ローンの繰上返済で解説しています。

個人事業主の場合の注意点

個人事業主は、2年目以降も毎年確定申告で住宅ローン控除を申請します。年末調整の仕組みがないため、会社員のように勤務先に書類を提出するだけでは済みません。

事業用と居住用を兼ねた住宅の場合、居住用部分の面積割合に応じて控除額が計算されます。居住用部分が全体の50%以上でないと控除の対象になりません。自宅兼事務所でローン控除を受けている場合、事業用部分を増やすと控除の適用要件を満たさなくなるリスクがあります。

事業所得がある場合、住宅ローン控除の計算は事業所得に対する所得税からの控除が優先されます。所得が少ない年は控除しきれない場合がありますが、控除しきれなかった分は住民税から一部控除されます（上限あり）。

よくある質問