住宅ローン控除の確定申告｜必要書類チェックリストとe-Tax手順

住宅ローン控除を受けるには、入居した翌年に確定申告が必要です。会社員でも初年度だけは確定申告をしないと控除が受けられず、忘れると最大数十万円の還付を取りそこなうこになります。

この記事では、初年度の確定申告で必要な書類を新築・中古・増改築の区分別に整理し、e-Taxでの入力手順、2年目以降の年末調整への切り替えまでを実務ベースでまとめています。

住宅ローン控除の確定申告が必要な人

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、住宅ローンを利用してマイホームを取得し、一定の要件を満たす場合に所得税の一部が還付される税額控除です。控除額はローン年末残高の0.7%で、最長13年間（中古は10年間）適用されます。控除の適用要件や借入限度額の詳細は住宅ローン控除 2026年の変更点でまとめています。

初年度は給与所得者（会社員）であっても確定申告が必須です。2年目以降は勤務先の年末調整で手続きが完了するため、面倒な確定申告は最初の1回だけで済みます。

確定申告の期間は、入居年の翌年2月16日から3月15日までが原則です。還付申告だけの場合は1月1日から提出できるため（住宅補助金2026年一覧で補助金との併用も確認しておくと効率的です）、早めに済ませたい人は年明け直後に動くとよいでしょう。

必要書類チェックリスト（全区分共通）

住宅の区分（新築・中古・増改築）にかかわらず、共通で必要になる書類を整理します。

源泉徴収票は2019年分以降の確定申告から添付不要になっていますが、入力時に給与収入額や源泉徴収税額の転記が必要なため、手元に用意しておいてください。

新築住宅の追加書類

新築住宅（注文住宅・建売住宅）の場合、住宅の性能区分によって追加書類が変わります。

2024年1月以降に建築確認を受けた新築住宅のうち、省エネ基準に適合しない「その他の住宅」は住宅ローン控除の対象外です。ハウスメーカーや工務店から性能証明書を受け取っているか確認してください。ZEH水準の補助金制度についてはZEH補助金2026も参照してください。

中古住宅の追加書類

中古住宅（既存住宅）を取得した場合の追加書類です。

中古住宅の借入限度額は、認定住宅で3,000万円、ZEH水準で3,000万円、省エネ基準適合で2,000万円、その他で2,000万円です。控除期間は10年間（新築の13年間より短い）。

中古マンションで築年数が古い場合は、売主または仲介業者に耐震基準適合証明書を発行してもらえるか事前に確認してください。発行されない場合は、住宅ローン控除の対象外になります。

増改築（リフォーム）の追加書類

既存住宅を増改築・リフォームした場合の追加書類です。

リフォームで控除を受けるには、工事費用が100万円超であること、居住部分の工事費が総額の1/2以上であることなどの要件があります。増改築等工事証明書の取得に1〜2週間かかることがあるため、早めにリフォーム業者に依頼してください。

e-Taxでの確定申告手順（ステップバイステップ）

e-Tax（電子申告）を使うと、税務署に行かずに自宅から確定申告を完了できます。マイナンバーカードとICカードリーダー（またはスマートフォン）があれば利用可能です。

ステップ1: 事前準備

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセスし、マイナポータル連携を設定します。連携すると、住宅ローンの年末残高証明書や源泉徴収票のデータが自動で読み込まれるケースがあります。

ステップ2: 申告書の作成開始

「新規作成」→「所得税」を選択。給与所得者は「給与所得のみ（年末調整済み）」を選びます。源泉徴収票の内容を入力し、「税額控除」の画面で「住宅借入金等特別控除」を選択します。

ステップ3: 住宅ローン控除の入力

画面の案内に従い、以下を入力します。

• 住宅の取得年月日、居住開始年月日
• 取得対価（建物・土地）
• 住宅ローンの年末残高
• 住宅の性能区分（認定住宅 / ZEH / 省エネ基準適合 / その他）
• 共有持分がある場合は持分割合

入力が完了すると、控除額が自動計算されます。

ステップ4: 添付書類の送付

e-Taxで申告書を送信した後、登記事項証明書や売買契約書の写しなど、電子データ化できない書類は郵送で税務署に提出します。送信後に表示される「申告書等送信表（兼送付書）」に必要な添付書類が一覧で表示されるため、漏れなく確認できます。

送付先は納税地の所轄税務署です。「申告書等送信表」を1枚目にし、添付書類をまとめて封筒に入れて郵送します。

ステップ5: 還付金の受け取り

e-Taxで申告した場合、還付金は申告から約3週間で指定口座に振り込まれます。紙で提出した場合は1〜2ヶ月かかることがあります。

2年目以降は年末調整で完了する

初年度の確定申告が完了すると、税務署から「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」が届きます。この用紙は控除期間分（13年分または10年分）がまとめて届くため、紛失しないよう保管してください。

2年目以降に勤務先の年末調整で提出する書類は2点だけです。

これを勤務先の年末調整時に提出すれば、12月または1月の給与で還付されます。税務署に行く必要はありません。

個人事業主（フリーランス・自営業）は年末調整がないため、2年目以降も毎年確定申告で控除を受けます。

よくある失敗と回避策

住宅ローン控除の確定申告で頻出する失敗パターンを整理します。

年末残高証明書が届かない・紛失した

金融機関からの郵送時期は10〜11月ですが、届かない場合や紛失した場合は金融機関に再発行を依頼してください。再発行には1〜2週間かかります。確定申告の期限直前に気づくと間に合わない可能性があるため、12月中に手元にあるか確認しておきましょう。

登記事項証明書の取得を忘れている

法務局で取得する登記事項証明書は、自分で取りに行く必要があります。オンライン申請（登記・供託オンライン申請システム）を使えば法務局に行かずに請求でき、手数料も窓口より安くなります（オンライン請求で郵送受取480円、窓口受取480円、窓口請求600円）。

共有名義・ペアローンの申告漏れ

夫婦でペアローンを組んでいる場合、それぞれが確定申告をする必要があります。片方だけ申告して、もう片方が忘れているケースが意外と多いです。連帯債務の場合は、負担割合に応じた年末残高を申告します。

確定申告そのものを忘れていた

確定申告の期限（3月15日）を過ぎても、還付申告であれば5年間はさかのぼって申告できます。入居年の翌年1月1日から5年以内に申告すれば、過去分の還付を受けられます。ただし、遡及申告は初年度分のみ。2年目以降の年末調整への切り替えは、初年度の確定申告完了が前提です。

よくある質問